Organizačná štruktúra od 1. februára 2012

A. Úsek generálneho riaditeľa
A.1. Kancelária generálneho riaditeľa
A.2. Kontrolný referát
A.3. Personálne oddelenie
A.4. Vysunuté pracoviská

B. Úsek výskumu a rozvoja (riaditeľ)
B.1. Riadenie projektov
B.2. CEDVU a digitálne zbierky
B.3. Register
B.4. Umenovedná knižnica
B.5. Archív výtvarného umenia
B.6. Digitálna galéria / OPIS

C. Úsek hospodárskeho riadenia (riaditeľ)
C.1. Oddelenie finančného riadenia
C.2. Oddelenie správy budov
C.3. Oddelenie IT
C.4. Oddelenie bezpečnosti a ochrany
C.5. Investičné oddelenie

D. Úsek odborných činností (riaditeľ)
D. 1. Oddelenie produkcie projektov a výstav
D. 2. Reštaurátorské ateliéry
D. 3. Oddelenie správy depozitárov
D. 4. Oddelenie fotodokumentácie

E. Úsek marketingu a komunikácie (riaditeľ)
D.1. Oddelenie marketingu a tvorby programov
D.2. Oddelenie galerijnej pedagogiky

F. Zbierky starého umenia (vedúci kurátor)
Zbierka gotického umenia
Zbierka európskeho maliarstva
Zbierka barokového umenia
Zbierka umenia 19. storočia
Zbierka starej kresby a grafiky

G. Zbierky moderného a súčasného umenia (vedúci kurátor)
Zbierka moderného a súčasného maliarstva
Zbierka modernej a súčasnej kresby a grafiky
Zbierka moderného a súčasného sochárstva
Zbierka fotomédií
Zbierka nových médií (Iných médií)
Zbierka úžitkového umenia
Zbierka architektúry
Zbierka insitného umenia